公司注销过程中可能会遇到以下一些问题：

1. 税务问题：
- 存在未结清的税款、滞纳金或罚款。
- 税务申报不规范，导致账目需要重新梳理和审查。

2. 债务：
- 有未清偿的债务，包括应付账款、贷款等，债权人可能提出异议。
- 与合作伙伴或客户之间存在合同，影响注销进程。

3. 员工权益问题：
- 未妥善处理员工的工资、福利、补偿金等，引发劳动争议。

4. 资产清算难题：
- 资产估值存在争议，特别是无形资产或固定资产的价值难以确定。
- 部分资产的产权不清晰，如土地、房产等。

5. 注销文件和材料不全或不准确：
- 缺少必要的证明文件、申请书填写错误等。

6. 股东意见不一致：
- 股东在注销方式、资产分配等方面存在分歧，难以达成一致意见。

7. 监管部门审批障碍：
- 不符合相关行业的监管要求，无法通过审批。

8. 未办理相关许可证的注销：
- 如特殊行业的经营许可证未及时注销。

9. 财务账目混乱：
- 会计凭证、账簿不完整或不规范，难以进行准确的财务清算。

10. 历史遗留问题：
- 例如之前的合并、分立等操作不规范，留下法律隐患。

例如，一家公司在注销时发现之前的税务申报有误，需要补缴大额税款和滞纳金，导致注销进程延迟。又比如，另一家公司的股东对于剩余资产的分配方案无法达成一致，陷入僵局，使得注销工作停滞不前。